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几年前,在研究生计算机科学课程中,我的任务是实现一种“通过运动检测进行可变图像分割”的算法。 就像他们说的那样,算法很笨拙。 经过六篇论文的简短描述,它具有数十个子例程,这些子例程在实施时已扩展为跨越数千行MATLAB代码。 但是有一个子程序,神秘地称为“数值升级”程序,科学记录中没有它的描述。 如果没有这个小而重要的程序,整个奇妙的图像分割机就会被溅射并停顿下来。 崩溃! 恐慌! 哎呀
幸运的是,在许多深夜之后,我设法找到了一份未发布的技术报告,该报告概述了缺少的例程(日语,但这是另一回事)。 奇妙的机器震撼了生命,分割了图像,并保存了我的GPA。
那门课程教会了我很多课程,其中之一是,我们要使科学工作,尤其是科学代码具有可复制性,还有很长的路要走。 这是我们最近启动了一个名为JotGit的开源项目的原因之一。
JotGit将git结合在一起,以实现强大的版本控制和脱机工作,以及在线,协作式富文本编辑。 我们的目标是使使用git来跟踪和发布与科学论文相关的所有内容变得容易:论文本身的文本,进入论文的数据,用于处理数据的代码以及其他所有内容。 这是原型的快速演示:
代码 。 JotGit仍然是原型,但我们会发布,并且会经常发布。 为了让您自己轻松运行,托管和入侵JotGit,我们使用流星Web框架构建了该框架,该框架很容易在任何Mac或Linux系统上运行,并且具有最小的依赖性。 Meteor使实时Web开发变得非常有趣,因此,即使您以前没有做过任何Web开发,这都是一个不错的起点!
JotGit背后的主要思想是,每个人都应该能够使用自己喜欢的工具和过程为科学论文做出贡献。 当前使用git的科学家还倾向于使用和类的工具撰写论文,这些工具是基于文本的,并且易于使用git管理,但是大多数科学家仍然使用与git不兼容的Word文档。 而且,不幸的是,从Word到Markdown / LaTeX / git的学习曲线非常陡峭。
根据我们运行的经验,我们很清楚这是一个问题, 是LaTeX的在线协作编辑器,具有丰富的文本层,可将 。 我们对writeLaTeX的主要目标之一一直是帮助LaTeX怪胎(像我们一样)与非LaTeX怪胎(像我们合作的大多数人一样)进行协作。 如果您习惯使用功能强大的脚本,版本控制和历史记录功能在LaTeX中撰写论文,那么当有人将您交给Word文档时,您可能会感到畏缩。 但是,如果您习惯使用Word,则当有人将一堆看上去不像纸张的计算机代码交给您时,您可能会有相同的React。 使用JotGit,我们在后端使用了git,LaTeX和Markdown等强大的工具,但是我们将它们包装在一个简单的,协作的,所见即所得的前端中。 最终,您可以使用任何喜欢的工具。
我们很高兴有机会合作和共享由git等分布式版本控制系统提供的科学论文。 GitHub的和协作模型真正改变了开源软件。 我们可以为科学记录做同样的事情吗? “分叉”纸张是什么意思? 目前,JotGit可与本地git存储库一起使用,但是不久我们将把它连接到GitHub,因此我们希望找出答案。
目前为止就这样了。 敬请期待更多更新。 有一个简短的包括后续步骤,如果您有任何疑问,请或进行讨论。
骇客骇客!
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